ในการทำการอ้างอิงแบบเชิงอรรถด้วยโปรแกรม EndNote ต้องเริ่มต้นด้วยการวางเคอร์เซอร์ไว้ตรงจุดที่ต้องการอ้างด้วยคำสั่งแทรกเชิงอรรถ (insert footnote) ในเมนู Reference ของ Msword เมื่อหมายเลขที่อ้างและเคอร์เซอร์มารอที่ส่วนท้ายหน้ากระดาษให้ทำการ insert citation จาก library ของ EndNote และเลือก bibliographic output style เป็น Chicago
